Το Γενικό Νοσοκομείο Άρτας είναι Νομικό Πρόσωπο Δημοσίου Δικαίου το οποίο υπόκειται στον έλεγχο και την εποπτεία της 6ης Υγειονομικής Περιφέρειας Πελοποννήσου, Ιονίων Νήσων, Ηπείρου και Δυτικής Ελλάδας.
Τα όργανα Διοικησης του Νοσoκομείου, με βάση τις διατάξεις του Ν.3329 του 2005, είναι:
- Το Διοικητικό Συμβούλιο του Νοσοκομείου
- Ο Διοικητής του Νοσοκομείου
Το Διοικητικό Συμβούλιο του Νοσοκομείου απαρτίζεται από πέντε μέλη. Τον Διοικητή του Νοσοκομείου, που είναι και πρόεδρος του Διοικητικού Συμβουλίου, τον αιρετό εκπρόσωπο του Ιατρικού προσωπικού, τον αιρετό εκπρόσωπο των λοιπών εργαζομένων (πλην των ιατρών) καθώς και δύο μέλη που δεν ανήκουν στο προσωπικού του νοσοκομείου και ορίζονται με αντίστοιχη απόφαση του Υπουργείου Υγείας και Κοινωνικής Αλληλεγγύης.
Διοικητής του Γενικού Νοσοκομείου Άρτας είναι ο κύριος Βασίλειος Μπαλάσκας.